Primero era importante formar el equipo que lideraría el proceso de negociación por parte de Nicaragua. A diferencia de los tratados bilaterales, el CAFTA implicaba que antes de negociar con los EEUU, Centroamérica debía de presentar una posición unificada, lo cual no era siempre fácil por las diferencias estructurales de cada uno de los países. Se necesitaba, pues, de un equipo experimentado y con profundos conocimientos de la economía nacional y de Centroamérica. Mediante el Acuerdo Presidencial 125-2003 del 27 de marzo de 2003 se nombró Embajador en Misión especial al catedrático de INCAE, Dr. Carlos Sequeira González, para llevar a cabo las negociaciones del CAFTA (Acuerdo Presidencial 125). Las negociaciones se iniciaron de lleno en el año 2003 (El Equipo Negociador).
Las negociaciones se realizaban por rondas, correspondiendo a cada país ser el anfitrión de las mismas. El 15 de septiembre del 2003 se inauguró en Managua la séptima ronda de negociación En su discurso de apertura, el Presidente Bolaños expresó:
"El 27 de febrero del año pasado, pocas semanas después de asumir la Primera Magistratura de la Nación, y en ejercicio de la Presidencia Protempore del Sistema de la Integración Centroamericana, convoqué a mis colegas presidentes aquí en Managua y les propuse un trato: La Unión Aduanera.
En esa misma reunión de febrero del 2002, propuse a los mandatarios centroamericanos, (y acogieron mi propuesta) instruir a los Ministros de Economía de nuestros países, la conducción de las negociaciones con Estados Unidos para la firma del Acuerdo de Libre Comercio con esa nación, que representa el mercado consumidor más grande del mundo y una ventana de oportunidades para nuestros productores.
Posteriormente, en mis encuentros con el Presidente George W. Bush en mayo del año pasado y en febrero de este año, insistí con el tema de la importancia del CAFTA, reiterando la importancia de la flexibilidad en el trato comercial a nuestros países, tomando en consideración las gigantescas asimetrías entre nuestra región y Estados Unidos, así como las sustanciales diferencias a lo interno de nuestros países, especialmente en Nicaragua.
El CAFTA no debe ser únicamente un Acuerdo de Libre Comercio entre Centroamérica y Estados Unidos. El CAFTA debe ser sinónimo de estabilidad política y de transferencia de tecnología. El CAFTA debe significar nuevas inversiones extranjeras y debe abrir nuevos mercados para nuestros productos. El CAFTA debe servir para generar riqueza y poder distribuirla con justicia social (Discurso 2003 09 15)."
